Après avoir débuté très jeune le piano et l'orgue, Daniel Maurer obtient une 1ère médaille d'or en orgue et une licence en solfège au Conservatoire de Mulhouse. L'organiste et compositeur Jean Langlais le remarque et lui propose de poursuivre avec lui ses études à Paris, en orgue écriture et improvisation. En 1979, Jean Langlais lui dédie l'une de ses compositions pour orgue "Noël n°3 avec variations" (Ed. Universal, Wien). A cette même époque, il accompagne Jean Langlais en tournée et se produit avec lui en concert à 4 mains et 4 pieds. Daniel Maurer a également bénéficié de l'enseignement de maîtres tels que Marie-Claire Alain, Guy Bovet et Lionel Rogg.

En 1982, il remporte le 1er pix d'orgue du Conservatoire National Suprieur de Musique de Paris, ainsi qu'un 1er prix d'honneur au concours international UFAM.

En 1979, il est nommé titulaire à l'âge de 22 ans de l'orgue Silbermann-Kern (1766) reconstitué de l'Eglise réformée St-Jean de Muhlouse (1766 - buffet classé momument historique). Depuis 1991, il partage cette tribune avec celle de l'Eglise réformée St-Etienne de Muhlouse. En 2003, il nommé organiste co-titulaire de l'orgue Silbermann du temple St-Thomas de Strasbourg.

Claveciniste de l'ensemble instrumental La Follia de 1985 à 1989, il publie plusieurs transcriptions pour orgue, comme le concerto pour 4 clavecin de Bach/Vivaldi, en première audition à Notre-Dame de Paris en 1993 par Pascale Mélis. Egalement compositeur, il est l'auteur d'une Cantate de Noël "L'Etoile de la Paix" pour choeur d'enfants, choeur mixte à 5 voix, soprano et orgue (1994).

Il s'est produit en concert dans de nombreux pays européens ainsi qu'au Japon, au cours desquels il pratique volontiers l'art de l'improvisation. Son dernier CD enregistré sur l'orgue symphonique d'Erstein avec des oeuvres de Franck, Widor, Vierne, Gigout, Ropartz et Dupré vient de paraître chez Ligia Digital dans la collection "La route des orgues" (vol. 6).