En 1998, sous l'impulsion d'une équipe, dont les membres, dix-sept années plus tard n'ont, à quelques exceptions près, pas tant changé que cela, l'Association des Amis de l'orgue de Walbach se remobilise, dans le but, à terme, de compléter définitivement l'orgue, tout en contribuant à la promotion de l'instrument et en participant à la vie musicale du village, de la vallée de Munster et des environs.

L'association instaure, à partir de 1998, une saison musicale regroupant quatre concerts par an, pour une musique accessible à tous, permettant d'entendre des artistes prometteurs ou confirmés, de découvrir des instruments originaux (cornet à bouquin, viole de gambe, luth, harpe gothique, percussions, traverso et quelquefois trio à cordes, musique vocale).
L'association produit en 1998 un disque compact, Autour de Haendel , enregistré à l'église Saint-Jacques avec l'ensemble Le Concert royal composé de Guy Ferber et Roland Callmar (trompettes baroques), Frank Josephs (timbales historiques) et Jean-Louis Thomasaux manettes de l'orgue. On peut y entendre des oeuvres de Haendel, Stanley, Boyce, Roman, Snow et Cadet.

Au printemps 2002, Antoine Bois complète l'instrument en rajoutant les jeux de cornet V et cromorne en basse et dessus au grand orgue, ainsi que Larigot et voix humaine à l'Echo. L'orgue compte ainsi 20 jeux répartis sur deux claviers et pédalier, avec à présent, un léger tempérament inégal. Antoine Bois en profite pour protéger le buffet et réaliser un relevage de l'instrument, nécessaire tous les dix ans environ, véritable cure de jouvence pour l'orgue, sa mécanique, ses tuyaux et ses sonorités.

L'orgue à présent complet est ainsi inauguré une deuxième fois, le 6 octobre 2002, autour de Guy Ferber à la trompette baroque et de l'ensemble Allégorie (Geneviève Kaemmerlen, soprano, Marie Garnier-Marzullo au cornet à bouquin et Jérôme Mondésert à l'orgue).